Santos Zárate y Martínez nació en Villafranca Montes de Oca (Burgos) el 1 de noviembre de 1830 y fue bautizado al día siguiente en la parroquia de Santiago Apóstol. Hijo de Pedro Zárate y Francisca Martínez, cursó sus estudios en el Seminario de San Jerónimo de Burgos y obtuvo el grado de licenciado en Teología en el Seminario Central de Toledo.
Inició su carrera eclesiástica como capellán del Monasterio de las Huelgas. Posteriormente, por oposición, obtuvo la canonjía lectoral de la Catedral de Santander, donde también ejerció como subdelegado castrense.
En 1886 fue propuesto por la reina regente para el obispado de Tenerife, pero rehusó el nombramiento alegando que “no tiene cualidades para tan altísimo cargo”. También rechazó inicialmente la propuesta para la diócesis de Almería en 1887. Finalmente, el papa León XIII lo nombró obispo de Almería el 17 de marzo de 1887.
Tomó posesión por poderes el 15 de noviembre de 1887 y entró solemnemente en la ciudad el 21 de diciembre del mismo año.
Su episcopado fue especialmente fecundo y caracterizado por una profunda preocupación por los pobres. Apenas llevaba un año en la diócesis cuando, el 8 de septiembre de 1888, una devastadora tromba de agua arrasó la provincia. Zárate se convirtió entonces en el gran “pedigüeño de España”, movilizando recursos para socorrer a la población y reconstruir lo destruido.
Entre sus obras más destacadas se encuentran:
Falleció en Almería el 7 de agosto de 1906. Fue enterrado en la capilla de San Indalecio, en la catedral.
Santos Zárate y Martínez es recordado como uno de los obispos más caritativos y activos de la diócesis almeriense. Su labor social, su impulso a las infraestructuras urbanas y eclesiásticas y su dedicación a los más necesitados dejaron una huella profunda en la historia de Almería.